En el año 2004, como respuesta a la creciente demanda de estudios de cuarto nivel, se crea la Unidad de Postgrados la cual desde entonces ha ofertado distintos programas relacionados con la estadística, manejo de recursos ambientales, enseñanza de las matemáticas y física, logística y transporte y química, con presencia tanto en Guayaquil como en la ciudad de Quito.